Agencija UN za izbeglice nastala je nakon II Svetskog rata da bi pomogla žiteljima Evrope raseljenim usled sukoba. Generalna skupština UN osnovala je Kancelariju Visokog komesarijata za izbeglice 14. decembra 1950. godine i dala joj trogodišnji mandat tokom bi obavila svoj zadatak i prestala da postoji. Konvencija Ujedinjenih nacija o statusu izbeglica –pravni osnov za pomoć izbeglicama i osnovni statu kojim se UNHCR rukovodi u svom radu usvojena je 28. juna naredne godine.

Do 1956. godine, UNHCR se suočio sa svojom prvom velikom izbegličkom krizom – masovnim begom izbeglica kada su snage tadašnjeg Sovjetskog Saveza ugušile revoluciju u Mađarskoj. Sve nade da će UNHCR postati suvišan tada su nestale. Tokom 60tih godina prošlog veka, dekolonizacija Afrike proizvela je prvu od brojnih izbegličkih kriza na tom kontinentu koja je zahtevala intervenciju UNHCRa. Tokom naredne dve decenije, UNHCR je morao da pomogne u krizama raseljavanja u Aziji i Latinskoj Americi. Krajem veka došlo je do novih izbegličkih problema u Africi, a zatim u Evropi nizom ratova na području Balkana…